Pewarna fluorescent adalah senyawa dengan struktur khusus, dan fitur strukturalnya terutama mencakup tiga poin berikut:
(1) Molekul mengandung kelompok pemancar fluorescent, seperti kelompok karbonil, ikatan ganda nitrogen-nitrogen, ikatan ganda karbon-nitrogen, dll.
(2) Molekul mengandung kelompok aukrom. Kelompok auxochrome membuat spektrum pergeseran merah dan meningkatkan efisiensi fluoresensi, seperti kelompok amino primer, kelompok amino sekunder, kelompok hidroksil, ikatan eter, kelompok amida dan sebagainya.
(3) Molekul mengandung ikatan π terkonjugasi dengan struktur planar yang kaku. Semakin besar sistem konjugasi intramolekuler, semakin kuat planaritas, semakin tinggi intensitas fluoresensi. Beberapa faktor yang dapat meningkatkan tingkat konjugasi dapat meningkatkan efisiensi fluoresensi dan menggeser panjang gelombang fluoresensi ke arah gelombang panjang.
